監修：株式会社FJネクスト 営業本部アセット倶楽部課 係長 勝治 寛（宅地建物取引士／2級FP技能士／AFP）

結論として、勤務医の不動産投資の確定申告は、必要書類さえそろえれば自分でも十分に可能で、e-Taxを使えば当直で多忙でも自宅から完結できます。給与以外に不動産所得がある勤務医は、原則として確定申告が必要です。とはいえ手続きは定型的で、年間を通じて領収書と書類を整理し、減価償却と損益通算のポイントを押さえれば、初めてでも進められます。1年目や減価償却の計算に不安がある場合は、税理士や確定申告サポートのある不動産会社を頼る選択肢もあります。本記事では、申告が必要になる理由、必要書類のチェックリスト、医師特有の疑問へのFAQ、医師オーナーの情報収集の実態データ、そして多忙でもスムーズに申告する3ステップまでを、勤務医の実務に即して整理します。

「区分マンションを買ったが、確定申告は自分でできるのか。それとも税理士に頼むべきなのか」。物件を購入した勤務医が、最初の確定申告シーズンを前に必ず直面する不安です。本業で多忙ななか、慣れない税務手続きにどれだけ時間を取られるのか、間違えたらどうなるのか、気になる点は多いはずです。しかし、不動産所得の確定申告は手順が決まっており、ポイントを押さえれば過度に恐れる必要はありません。本記事では、勤務医・当直ありという前提に立って、確定申告の流れと、多忙でも乗り切るための実務的な進め方を解説します。

不動産投資をする医師の確定申告の基本

不動産投資をする勤務医の確定申告の基本は、「給与以外に不動産所得が生じたら申告義務がある」「不動産所得の赤字は給与所得と損益通算できる」「青色申告なら控除など税制上の優遇が受けられる」の3点です。勤務医は通常、勤務先の年末調整で納税が完結しますが、不動産所得が加わると自分で確定申告する必要があります。この申告こそが、損益通算による節税を受けるための手続きでもあります。まずは基本を3つの観点から押さえましょう。

給与以外の所得が生じる場合の申告義務

勤務医に不動産所得が生じた場合、給与所得以外の所得が年間20万円を超えると、原則として確定申告が必要です。勤務医は会社員と同じく、勤務先が年末調整を行うため、通常は確定申告が不要です。しかし、家賃収入による不動産所得が発生すると話は別です。給与以外の所得（不動産所得など）の合計が年間20万円を超える場合、自分で確定申告をして納税する義務が生じます。ここで注意したいのは、不動産所得は「家賃収入そのもの」ではなく「家賃収入から必要経費を差し引いた額」だという点です。たとえ家賃収入があっても、減価償却費やローン金利などの経費を引いた結果が赤字であれば、その赤字を申告することで、むしろ税金が戻る場合があります。複数の勤務先から給与を得ている非常勤の医師なども、確定申告が必要になるケースが多いため、自分が申告対象かをまず確認することが出発点です。

赤字を給与所得と通算する申告上の扱い

不動産所得が会計上の赤字になった場合、その赤字を給与所得と相殺（損益通算）でき、これが医師の節税の中心的な仕組みです。損益通算とは、ある所得の赤字を他の所得の黒字から差し引ける制度です。不動産所得が減価償却費などにより会計上の赤字になると、その赤字分を高額な給与所得から差し引けます。課税対象となる所得が圧縮されるため、源泉徴収ですでに納めた税金の一部が還付される、という流れです。高い税率が適用される勤務医ほど、この損益通算による還付効果は大きくなります。ただし、損益通算を受けるには確定申告が必須です。年末調整だけでは損益通算は適用されないため、「申告して初めて節税が実現する」と理解しておくことが重要です。なお、損益通算による節税の仕組みと年収帯別の効果額は、別記事「医師の不動産投資は節税になる？効果の仕組みと年収別シミュレーション」で詳しく解説しています。

医師が選ぶべき申告方式と控除の違い

確定申告には青色申告と白色申告があり、節税効果を重視するなら、最大65万円の特別控除が受けられる青色申告が有利です。白色申告は手続きが簡単な反面、特別な控除はありません。一方の青色申告は、事前に「青色申告承認申請書」の提出が必要で、複式簿記による記帳などの要件を満たすと、最大65万円の青色申告特別控除を受けられます。ただし、この65万円控除は事業的規模（一般におおむね「5棟10室」以上が目安）と認められる場合に適用され、区分マンション1戸など規模が小さい場合は、控除額が10万円にとどまるのが一般的です。区分マンションを1〜数戸保有する段階では、まず白色申告から始め、規模拡大に応じて青色申告を検討する医師も多くいます。自分の保有規模でどちらが有利かは、後述する税理士やサポート体制のある不動産会社に相談して判断するのが確実です。

確定申告の必要書類チェックリスト

不動産投資の確定申告に必要な書類は、「収入を示す書類」「経費を示す書類」「物件・ローンに関する書類」「本人・申告に関する書類」の4種類に整理できます。多忙な医師ほど、必要書類を事前に把握し、年間を通じて集めておくことが、申告をスムーズに進める鍵になります。下表に主要な書類を整理します。

特に重要なのが、減価償却の計算に使う「建物と土地の取得価額の内訳」がわかる書類です。減価償却費は建物部分からのみ計上できるため、売買契約書などで建物価格を確認できることが、正確な申告の前提になります。これらの書類は申告直前にまとめて集めようとすると大変なので、購入時の書類は1か所に保管し、経費の領収書は年間を通じてファイリングしておくことをおすすめします。e-Tax（電子申告）を利用すれば、一部の証明書類の提出を省略でき、自宅から24時間申告できるため、当直で多忙な医師にも便利です。

よくある質問にプロが回答

不動産投資の確定申告について、勤務医から特に多く寄せられる5つの疑問に、監修者の勝治が回答します。

Q1. 当直や非常勤のある勤務医でも、不動産所得の確定申告のやり方は同じ？

当直手当や非常勤先の給与があっても、不動産所得の申告のやり方自体は同じですが、複数の給与を合算して申告する手間が加わります。不動産所得の計算方法（家賃収入から経費を引く）や損益通算の仕組みは、勤務形態にかかわらず共通です。ただし、常勤先に加えて非常勤先からも給与を受けている医師は、それらの源泉徴収票をすべて集め、給与所得を合算して申告する必要があります。複数の勤務先がある場合、年末調整は主たる勤務先でしか行われないため、確定申告で全体を精算する形になります。当直や非常勤で勤務先が分かれている医師ほど、源泉徴収票の集約に漏れがないよう注意しましょう。書類さえそろえば、申告の手順そのものは難しくありません。

Q2. 確定申告は自分でやる？税理士に頼む？

区分マンション1〜2戸で記帳に不安がなければ自分で申告でき、戸数が多い場合や1年目で不安が大きい場合は税理士に頼む選択も有効です。区分マンションを少数保有する段階なら、必要書類をそろえ、会計ソフトやe-Taxを使えば、自分で申告することは十分可能です。一方、保有戸数が増えて記帳が複雑になってきた、減価償却の計算に自信がない、当直で申告に割く時間がどうしても取れない——こうしたケースでは、税理士への依頼が現実的です。税理士費用は数万円から発生しますが、その分の時間と正確性を買えると考える医師も少なくありません。また、確定申告のサポート体制を持つ不動産会社を選んでおけば、申告時期に相談できる安心感があります。自分でやるか頼むかは、保有規模・申告にかけられる時間・記帳や減価償却の複雑さを基準に判断するとよいでしょう。

Q3. 不動産投資の節税はiDeCo・ふるさと納税とどう使い分ける？

iDeCo・ふるさと納税は手軽に始められる節税策、不動産投資は与信を活かした資産形成を兼ねる節税策で、目的に応じて併用するのが基本です。ふるさと納税は実質的な税額控除と返礼品が魅力で、iDeCoは掛金が所得控除になり老後資金も準備できます。いずれも比較的少額・手軽に始められる一方、節税の規模には上限があります。これに対し不動産投資は、医師の高い与信を活かしてレバレッジをかけ、損益通算による節税と家賃収入による資産形成を同時に狙える点が異なります。3つは排他的ではなく、目的や余裕資金に応じて組み合わせるのが合理的です。それぞれの違いと使い分けは、別記事「医師の節税はどれが得？iDeCo・ふるさと納税・不動産投資の使い分け」で詳しく解説しています。

Q4. 減価償却はどう計算して申告に載せる？

減価償却費は「建物の取得価額 ÷ 法定耐用年数（に応じた償却率）」で計算し、不動産所得の経費として毎年計上します。減価償却は、建物の取得価額を、法定耐用年数にわたって分割して経費計上する仕組みです。たとえば鉄筋コンクリート造（RC）の住宅用建物の法定耐用年数は47年で、新築であればこの年数に応じた償却率で毎年費用化します。中古物件の場合は、経過年数に応じて耐用年数が短くなるため、1年あたりの減価償却費が大きくなり、節税効果が高まる傾向があります。ここで重要なのは、減価償却の対象は建物のみで、土地は対象外という点です。そのため、売買契約書などで建物と土地の価格の内訳を確認しておく必要があります。減価償却費は実際の出費を伴わないのに経費計上できるため、多くのケースで、不動産所得を会計上の赤字にして損益通算による節税を生み出す中心的な役割を担います。計算が複雑だと感じる場合は、サポート体制のある不動産会社や税理士に確認すると安心です。

Q5. 申告漏れ・誤りがあるとどうなる？

申告漏れや誤りがあると、本来の税額に加えて加算税や延滞税といったペナルティが課される場合があるため、正確な申告が重要です。確定申告が必要なのに行わなかった場合や、所得を少なく申告していた場合、後から追徴課税の対象になることがあります。具体的には、申告しなかったことへの無申告加算税、納付が遅れたことへの延滞税などが、本来納めるべき税額に上乗せされる可能性があります。「赤字だから関係ない」と思っていても、損益通算による還付を受けるには申告が必要であり、逆に黒字の場合は申告・納税の義務があります。意図的でなくても、知識不足による申告漏れはペナルティの対象になり得ます。不安がある場合は、早めに税理士やサポート体制のある不動産会社に相談し、正確な申告を心がけましょう。万一、申告後に誤りに気づいた場合も、税務署の調査を受ける前に自主的に修正申告すれば、過少申告加算税がかからない、または軽減されるのが原則です（無申告のケースでも、自主的な期限後申告なら加算税が原則5%程度に抑えられます）。ただし延滞税は別途かかる場合があり、税額や期間によって変わります。正確な取り扱いは、税理士や税務署、国税庁の情報で確認することをおすすめします。

【独自調査】医師オーナーの確定申告と情報収集の実態

不動産投資を行う医師が、確定申告を含む実務でどこに情報を求め、何を重視して業者を選んでいるのか、FJネクストの独自調査の集計データから開示します。確定申告の手続きそのものは制度で決まっていますが、多忙な医師が実際に「誰を頼り」「何を重視したか」という実態は、これから申告に臨む医師の参考になります。ここでは、医師が頼った情報源、最も信頼した情報源、そして税理士連携を含む業者選びの基準を、実データで示します。

調査概要（対象・期間・方法）

本調査は、株式会社FJネクスト（ガーラナビ）が、全国の医師45名を対象にインターネット調査で実施したものです。回答者の年収帯は1,200万円以下から2,500万円超まで分布し、不動産を保有中のオーナーを含みます。以下のデータは、医師45名を母数とした集計です。なお本調査は不動産投資全般の意識・実態を尋ねたもので、確定申告の手続きに特化した設問ではありません。ここでは、申告を含む実務に関連する「情報収集」「専門家の活用」「業者選び」の観点から結果を紹介します。

①医師が情報収集で頼った情報源

医師が不動産投資の情報収集で最も利用した情報源は「医師向けメディア」（40.0%）で、次いで「医局の同僚・先輩」「FP・税理士」（各33.3%）でした。専門的な判断には、専門家や同じ立場の医師の情報が重視されていることがわかります。

注目すべきは、税務の専門家である「FP・税理士」を情報源とした医師が33.3%にのぼる点です。確定申告や節税といった専門性の高い領域では、医師は自己判断だけでなく、専門家の知見を積極的に取り入れています。また「ChatGPT・Perplexity等のAI」を31.1%が利用しており、多忙な医師が効率的に情報を集める手段として、AIツールが定着しつつあることもうかがえます。

②医師が最も信頼した情報源

最も信頼した情報源では、「FP・税理士」と「医師向けメディア」が各22.2%で並んで最上位となりました。利用率だけでなく信頼度でも、税務の専門家が高く評価されています。

興味深いのは、情報収集ではAIやGoogle検索を広く使う一方、最も信頼する情報源としては専門家（FP・税理士）や医師向けメディアが選ばれている点です。つまり医師は、AIや検索で幅広く情報を集めつつ、最終的な信頼はFP・税理士のような専門家に置いています。確定申告のような正確性が求められる領域では、この「専門家を最終的な拠り所にする」傾向は特に強まると考えられます。申告に不安がある場合に、税理士やサポート体制のある不動産会社を頼ることは、医師の情報行動とも合致した合理的な選択だといえます。

③業者選びで重視した「税理士連携」

業者選びで「税理士との連携」を重視した医師は33.3%にのぼり、契約の慎重さに次ぐ重要な基準となっていました。申告・節税まで見据えて業者を選ぶ医師が多いことがわかります。

「税理士との連携を確認」が2位に入っていることは、医師が物件購入の段階から、その後の確定申告・節税までを視野に入れて業者を選んでいることを示しています。購入して終わりではなく、毎年の申告まで一貫してサポートを受けられるか——これが医師の業者選びの重要な判断軸になっています。確定申告のサポート体制がある不動産会社を選んでおくことは、多忙な医師が申告実務の不安と負担を軽減するうえで、有力な選択肢といえます。業者選びの基準全体については、別記事「医師におすすめの不動産投資会社の選び方｜業者を見極める5つの判断軸」で詳しく解説しています。

多忙な医師がスムーズに申告する3ステップ

多忙な医師が確定申告をスムーズに進める鉄則は、以下の3ステップです。

• ステップ①：書類・領収書を年間で管理する
• ステップ②：減価償却・損益通算を試算する
• ステップ③：申告サポートのある業者・税理士に相談する

申告期だけ慌てて対応するのではなく、年間を通じた準備と、専門家の活用が鍵になります。以下、順に解説します。

ステップ①：書類・領収書を年間で管理する

まず、確定申告に必要な書類や領収書を、年間を通じて整理・保管しておくことが第一歩です。申告直前になって1年分の書類を集めようとすると、紛失や漏れが生じやすく、多忙な医師にとっては大きな負担になります。管理費・修繕費・損害保険料などの経費の領収書は、発生の都度ファイルにまとめ、管理会社からの送金明細や固定資産税の通知書も専用の保管場所に整理しておきましょう。購入時の売買契約書やローンの返済予定表など、減価償却や経費計算の根拠となる書類は特に重要です。近年は、経費をスマートフォンで撮影して記録できる会計ソフトもあり、多忙でもすき間時間で管理できます。年間で少しずつ整理しておけば、申告期の作業は大幅に軽くなります。

ステップ②：減価償却・損益通算を試算する

次に、減価償却費を計算し、不動産所得と給与所得の損益通算による節税効果を試算します。確定申告の中心となるのが、この減価償却費の計算です。建物の取得価額を法定耐用年数に応じて費用化し、家賃収入から諸経費とあわせて差し引いて、不動産所得を算出します。その結果が赤字であれば、給与所得と損益通算することで、課税所得が圧縮され、還付につながります。この試算を事前に行っておくと、申告によってどの程度の節税効果が見込めるかを把握でき、納税・還付の見通しが立ちます。減価償却の計算方法や損益通算の仕組みは、別記事「医師の不動産投資は節税になる？効果の仕組みと年収別シミュレーション」で詳しく解説しています。計算に不安がある場合は、次のステップで専門家に確認するのが確実です。

ステップ③：申告サポートのある業者・税理士に相談する

最後に、記帳や計算に不安がある場合や、当直で申告に時間を割けない場合は、確定申告サポートのある不動産会社や税理士に相談します。FJネクストの独自調査でも、医師が最も信頼した情報源はFP・税理士（22.2%）であり、業者選びでも税理士連携を33.3%が重視していました。申告・節税のような専門領域では、専門家を頼ることは合理的な選択です。特に、購入した不動産会社が確定申告のサポート体制を持っている場合、物件の取得価額や経費の内訳など、その物件に関する情報を熟知しているため、スムーズに相談できます。1年目は専門家のサポートを受けて申告の流れを把握し、2年目以降は自分で対応する、という進め方も現実的です。自分の状況に合わせて、無理のない申告体制を整えましょう。

確定申告まで支える不動産投資のパートナー（FJネクスト）

物件の購入から、その後の毎年の確定申告・節税までを一貫してサポートできる不動産会社の一つが、株式会社FJネクストです。不動産投資は購入して終わりではなく、毎年の確定申告と節税の実務が続きます。多忙な勤務医にとって、この申告実務をどう乗り切るかは、購入前から見据えておきたい重要なポイントです。FJネクストは、都心区分マンションの開発・供給に加え、税理士との連携や確定申告のサポート体制を通じて、購入後の申告まで見据えた支援を提供しています。

FJネクストが選ばれている3つの理由

医師オーナーに選ばれている理由は、①東証プライム上場グループの信頼性、②税理士との連携体制、③確定申告まで見据えたサポート体制、の3点です。

①東証プライム上場グループの信頼性。FJネクストグループは東京証券取引所プライム市場に上場しており、財務情報の開示やガバナンスを第三者基準で担保されています。長期にわたり物件を保有し、毎年の申告を続けていく医師にとって、パートナー企業の経営の安定性と継続性は重要な判断軸です。

②税理士との連携体制。FJネクストの独自調査では、業者選びで「税理士との連携」を重視した医師が33.3%にのぼりました。税理士との連携があれば、購入後の確定申告や損益通算の実務について、専門的なサポートを受けられます。医師が申告・節税まで見据えて業者を選ぶ傾向に応える体制です。

③確定申告まで見据えたサポート体制。多忙な勤務医にとって、慣れない確定申告は大きな負担です。購入した物件の取得価額や経費の内訳を熟知した不動産会社が申告時期にサポートできれば、当直で時間の取れない医師でも、申告実務の不安と負担を軽減できます。購入後の申告まで伴走する体制が、多忙な医師に選ばれる理由です。

確定申告を税理士に委託している医師オーナーの事例

消化器内科で年収2,400万円の勤務医（購入時42歳・男性）は、練馬・三軒茶屋の新築区分マンション計10戸を保有しています。現在の評価額は購入価格の約1.5倍となり、資産形成が進んでいます。確定申告や節税に関する実務は税理士に委託しているため、本人は本業に専念しながら運用を続けられています。この事例のように、保有戸数が多い場合や記帳・減価償却が複雑な場合は、税理士に委託するのも有力な選択肢です。

申告・節税まで見据えた個別相談のご案内

購入後の収支や節税効果、確定申告の進め方まで含めて詳しく知りたい方には、オンラインでの個別相談をご用意しています。平日夜間・休日・当直明けの時間帯やオンラインに対応しているため、多忙な勤務医でもスケジュールを大きく崩さずに相談できます。確定申告に不安のある方は、申告実務のサポート体制についてもお気軽にご確認ください。無理な勧誘や即決を迫ることはありません。相談の進め方は、別記事「不動産投資の個別相談はオンラインで可能？多忙な人向けの相談形態を徹底解説」でも紹介しています。

まとめ ─ 医師が確定申告で損しない3つの鉄則

医師が確定申告で損をしないための鉄則は、以下の3つです。

• 鉄則①：損益通算による節税は「申告して初めて」実現する
• 鉄則②：必要書類は年間を通じて準備しておく
• 鉄則③：不安があれば税理士・サポート体制のある会社を頼る

本記事の要点を、確定申告に臨む際の指針として整理します。

鉄則①：損益通算による節税は「申告して初めて」実現する

不動産投資による節税は、確定申告をして損益通算を適用させることで、初めて実現します。年末調整だけでは損益通算は適用されず、還付も受けられません。給与以外の所得が年間20万円を超えたら申告義務が生じる一方、不動産所得が赤字なら申告によって還付を受けられる可能性があります。「申告は義務であると同時に、節税のための手続きでもある」と理解しておくことが、損をしない第一歩です。

鉄則②：必要書類は年間を通じて準備しておく

確定申告をスムーズに進める鍵は、必要書類を年間通じて整理・保管しておくことです。家賃収入の明細、経費の領収書、ローンの返済予定表、そして減価償却の基礎となる建物・土地の取得価額がわかる書類などを、申告直前ではなく日頃から整えておきましょう。多忙な医師ほど、この年間の積み重ねが、申告期の負担を大きく左右します。e-Taxを使えば、当直で忙しくても自宅から申告を完結できます。

鉄則③：不安があれば税理士・サポート体制のある会社を頼る

記帳や減価償却の計算に不安がある場合、当直で申告に時間を割けない場合は、無理をせず専門家を頼ることが賢明です。FJネクストの独自調査でも、医師が最も信頼した情報源はFP・税理士であり、業者選びでも税理士連携が重視されていました。専門家を頼ることは、医師の情報行動に即した合理的な判断です。特に、購入した不動産会社に確定申告のサポート体制があれば、その物件の情報を熟知した相手に相談でき、安心して申告に臨めます。

不動産投資の確定申告は、必要書類をそろえ、損益通算と減価償却のポイントを押さえれば、勤務医でも十分に対応できます。そして、その申告こそが節税を実現する手続きでもあります。一人で抱え込まず、必要に応じて専門家やサポート体制のある会社を頼りながら、無理のない形で申告を進めていきましょう。まずは、ご自身の物件で見込める節税効果を試算することから始めてみてください。

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